تشخیص کمی RNA-viruses گامی در تحلیل هولوبیونت و ارتباط متقابل ویروس، همزیست و میزبان

کد مقاله : 1590-24IPPC (R3)
نویسندگان
IRIPP
چکیده
استفاده از عوامل کنترل بیولوژیک در سیستمهای مختلف کشاورزی، اعم از رایج، IPM، IP و کشاورزی ارگانیک، الزاماتی همچون پرورش میزبان با کیفیت و کمیت دارد. همین الزام در روش کنترل بیولوزیک و روش نرعقیمی آفات به مطالعه و تحقیق و توسعه دقیق (در سطح ژنومیکس، ترانسکریپتومیکس و پروتئومیکس) ارتباطات متقابل پاتوژن، همزیست و میزبان (شش گونه از جنسGolosina ) منجر شده است. جهت شناسائی عوامل ویروسی Iflavirus و Negevirus و مطالعه نقش آنها در هولوبیونت و میکروبیوتا میزبان، پس از استخراج RNA از نمونه کامل حشره، و در مرحله بعدی پس از تنظیم و تثبیت روش از صرفا یک پای میانی قطع شده حشره، RT-PCR دو مرحله ای (ضمن تهیه cDNA)، طراحی جفت پرایمر اختصایی، Gradient PCR های متعدد در شیب دمایی C° 40-70 انجام و میزان کمیت این ویروس ها در نمونه ها با qPCR بررسی و کلونی عاری از ویروس برای مطالعات بررسی میزان اثر در هولوبیونت ایجاد شد. با توجه به عدم حضور این ویروسها در Golosina pallidipes و حساسیت آن به ویروس هیپرتروفی غدد بزاقی، احتمال نقش همزیستی دو ویروس مورد مطالعه برای این میزبان شکل گرفت. ضمن تثبیت روش انتقال این ویروس ها، میزان این ویروس ها در بافتهای مختلف به روش qPCR نیز بررسی گردید. این ویروس ها از طریق همولنف به میزبان جدید منتقل و سطح کمی آنها در میزبان جدید در یک پروسه چهار هفته ای رو به افزایش گذاشت. این مدل بررسی در سایر مطالعات ارتباطات متقابل می تواند رازهای این گونه مطالعات پیچیده را گامی بگشاید
کلیدواژه ها
 
Title
A quantification diagnosis of holobiont’s RNA-viruses on the virus-symbiont-host interaction-studies
Authors
Abstract
The use of biological control agents (BCAs) in different agricultural systems, including conventional, IPM, IP and organic agriculture, has requirements such as host rearing in appropriate quality and quantity, as well as most of genetically control methods and related research and development projects. To keep the host rearing quality, the interactions of pathogen, symbiont and host model (six species of Golosina genus in a FAO/IAEA program) were investigated in detailed genomics, transcriptomics and proteomics. For identify the RNA viruses as Iflavirus and Negevirus and their role in the holobiont and host microbiota, RNA extracting from the complete insect sample were conducted. In the next step after adjusting and stabilizing the method from only one (middle) leg of the insect, two-step RT-PCR (while preparing cDNA), designing specific primers (pairs), multiple gradient PCRs at a temperature gradient of 40-70°C and checking the quantity of the viruses in the samples with qPCR were conducted for creating a virus-free colony for next studies to check their effects in the holobiont. Considering the absence of these viruses in Golosina pallidipes and its sensitivity to salivary gland hypertrophy viruses (SGHVs), the possibility of the symbiotic role of the two studied viruses should investigated in further transmission studies in diferent tissues was also checked by qPCR method. These viruses are transferred to the new host through hemolymph and their quantitative level increased in the new host in four weeks. Such interaction studies can clarify nexus of BCAs-host rearing quality.
Keywords
biological control agents (BCAs), Iflavirus, Negevirusn Holobiont, Golosina pallidipes