بررسی تنوع ژنتیکی جدایه‌های ویروس موزائیک کاهو بر اساس ژن پروتئین پوششی

کد مقاله : 1261-24IPPC (R2)

گروه گیاهپزشکی. دانشکده کشاورزی. دانشگاه زنجان. زنجان ایران

ویروس موزائیک کاهو (Lettuce mosaic virus) متعلق به جنس Potyvirus و خانواده Potyviridae، یکی از ویروس‌های مهم اقتصادی است که روی کاهو اثر می‌گذارد و به دلیل علائم موزائیک و کاهش رشد گیاه باعث خسارت های قابل توجهی می‌شود. به منظور بررسی آنالیز تبارزایی، تنوع ژنتیکی و فشار انتخاب وارد بر ژن پروتئین پوششی ویروس موزائیک کاهو (LMV)، 36 توالی کامل ژن پروتئین پوششی (Coat protein) از پایگاه داده‌های نوکلئوتیدی (NCBI) از کشورهای مختلف دنیا در چهار قاره از جمله: آسیا (چین وتایوان)، اروپا (فرانسه و ترکیه)، آفریقا (تونس) و آمریکا (برزیل و شیلی) انتخاب شدند. همردیف‌سازی توالی‌ها و رسم درخت تبارزایی به روش Neighbor-Joining با مدل Tajima-Nei و با بوت استرپ 1000 با استفاده از نرم‌افزار MEGA7 بدون اوت گروپ و برآوردهای تنوع ژنتیکی و فشار انتخاب وارد بر پروتئین پوششی با نرم‌افزار DnaSP v6.12.03 و بررسی میزان درصد تشابه نوکلئوتیدی بین جدایه‌های این تحقیق با استفاده از نرم‌افزار SDT v1.2 انجام شدند. در تجزیه و تحلیل درخت تبارزایی، جدایه‌های ویروس موزائیک کاهو (LMV) به چهار گروه مستقل I، II، III و IV با مقدار معنی‌دار شارش ژنتیکی (Fst) بیشتر از 0.27 (>0.27) تقسیم بندی شدند. نتایج همردیف‌سازی توالی‌ها نشان داد که جدایه‌های این تحقیق 100-93% با یکدیگر تشابه داشتند. نسبت جایگزینی مکان‌های نامترادف (dN) به مکان‌های مترادف (dS)، dN/dS=ω، کمتر از یک بدست آمد و نتایج حاصله نشان داد که ژن CP ویروس تحت انتخاب منفی قرار داشته است. بررسی نوترکیبی با نرم‌افزار RDP4 v.4.80 حاکی از عدم نوترکیبی در این بخش از ژنوم بود. این مطالعه نشان می‌دهد که تنوع ژنتیکی در بین جمعیت‌ های جغرافیایی LMV ناشی از جهش و انتخاب طبیعی است. نتایج نشان داد که انتخاب منفی و جهش ممکن است محرک بالقوه پویایی تکامل مولکولی LMV باشد..

درخت تبارزایی؛ شارش ژن؛ فشار انتخاب منفی