ردیابی مولکولی و بررسی فیلوژنتیکی جدایه‌های ویروس موزائیک زرد لوبیا از مزارع لوبیا
کد مقاله : 1265-24IPPC (R2)
نویسندگان
1گیاهپزشکی، کشاورزی، زنجان، زنجان، ایران
2گروه گیاهپزشکی. دانشکده کشاورزی. دانشگاه زنجان. زنجان ایران
3موسسه تحقیقات اصلاح وتهیه نهال وبذر، البرز، ایران
چکیده
ویروس موزائیک زرد لوبیا (Bean yellow mosaic virus, BYMV)، به جنس Potyvirusاز خانواده Potyviridae تعلق دارد. تشخیص ویروس موزائیک زرد لوبیا اغلب مشکل می‌باشد زیرا ویروس‌های متعلق به زیر گروه BYMV نه تنها از نظر دامنه میزبانی بلکه از لحاظ تولید انواع اندامک‌های ویژه درون سلولی سیلندری و کریستالی دارای شباهت بسیار زیادی به یکدیگر می‌باشند. ویروس BYMVمی تواند به‌صورت منفرد و یا آلودگی مخلوط با ویروس موزائیک معمولی لوبیا و یا سایر پوتی ویروس‌های لوبیا همراه شوند. هدف از این مطالعه، ردیابی مولکولی BYMV از استان زنجان و بررسی فیلوژنتیکی جدایه‌های ردیابی شده است. به این منظور ، نمونه‌برداری انتخابی از گیاهان دارای علائم زردی شدید، موزاییک و ریزبرگی، بدشکلی، عدم تقارن و سبزردی در سال زراعی 98-97 از مزارع لوبیا شهرستان‌های قیدار، ابهر و سلطانیه در استان زنجان انجام شد. از بافت‌های برگی دارای زردی شدید مشکوک جمع آوری شده آر‌ان‌ای کل استخراج و سپس دی‌ان‌ای مکمل با استفاده از Oligo dt16 و کیت ساخت cDNA (Hyperscript) شرکت GeneAllتکثیر شد. از واکنش زنجیره‌ای پلیمراز با استفاده از دو جفت آغازگر اختصاصی BYMV-Cpu و BYMV-Cpd تکثیر کننده ناحیه‌های ژن پروتئین پوششی برای ردیابی ویروس موزائیک زرد لوبیا استفاده شد.در واکنش زنجیره‌ای پلیمراز قطعه‌ای به‌اندازه حدود 900 جفت باز را در 6 نمونه‌های تکثیر شد. تعیین توالی نوکلئوتیدی قطعات تکثیر یافته به صورت یک طرفه با استفاده از آغازگر مستقیم توسط شرکت بیونیر کره جنوبی انجام شد. مقایسه توالی‌های به‌دست آمده با توالی‌های موجود در بانک ژن نشان داد که قطعه تکثیر شده مربوط به ویروس موزائیک زرد لوبیا است. تجزیه و تحلیل تبارزایی جدایه‌های ردیابی شده با استفاده از نرم افزار Mega X و روش Neighbor Joining نشان داد که جدایه‌های ردیابی شده با جدایه‌هایی از کره جنوبی و استرالیادر یک گروه قرار دارند. درصد تشابه با جدایه‌ی استرالیایی این ویروس 87 درصد بود. آنالیز جمعیت جدایه‌های جدید و سایر جدایه‌ها انجام شد که نرخ جهش ها نشان دهنده انتخاب مثبت در جمعیت ایرانی این ویروس بود. لازم به ذکر است آلودگی مخلوط این جدایه‌ها با ویروس موزائیک معمولی لوبیا نیز بررسی شد و برخی از جدایه‌ها دارای آلودکی همزمان ویروس موزاییک معمولی لوبیا و ویروس موزائیک زرد لوبیا بودند.
کلیدواژه ها