آنالیز ژنتیکی جمعیت جدایه های جدید Grapevine Pinot gris virus در ایران

کد مقاله : 1297-24IPPC (R3)

¹گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زنجان، زنجان، ایران

²گروه گیاهپزشکی. دانشکده کشاورزی. دانشگاه زنجان. زنجان ایران

گونه (GPGV) Grapevine Pinot gris virus متعلق به خانواده Betaflexiviridae و جنس Trichovirus است. در تحقیق حاضر به منظور ردیابی و آنالیز فیلوژنتیکی جمعیت جدایه‌های GPGV، نمونه برداری در سال 96-95 از برگ و شاخه‌های سبز دارای علائم مشکوک درختچه‌های انگور تاکستان‌های مهم ایران در شمالغرب انجام شد. استخراج RNA از نمونه‌های دارای علائم ویروسی و برخی نمونه‌های بدون علائم انجام و سپس سنتز cDNAتوسط آغازگر معکوس اختصاصی GPGV و کیت HyperscriptR انجام گرفت. آزمون PCR با استفاده از یک جفت آغازگر اختصاصی مربوط به ناحیه پروتئین پوششی ویروس (CP) انجام شد. نتایج نشان داد که شش نمونه از 114 نمونه بررسی شده، آلوده به GPGV بودند. قطعات DNA تکثیر شده در RT-PCR در حدود 500 bp بودند. نتایج حاصل از همردیف چینی قطعات تعیین توالی شده تعلق آن‌ها را به GPGV نشان داد. آنالیز ژنتیکی جمعیت و تکامل مولکولی GPGV براساس توالی یابی ژن پروتئین پوششی شش جدایه‌ی جدید ایرانی و 43 جدایه از چندین کشور مختلف در سه قاره‌ی آسیا، اروپا و آمریکا صورت گرفت. درخت فیلوژنتیکی با استفاده از نرم افزار MEGA X و با روش Neighbor Joining رسم شد. همچنین آنالیز برخی از فاکتورهای جمعیت با استفاده از نرم افزار DnaSP محاسبه شد. درخت فیلوژنتیکی جدایه‌های GPGV در شش گروه مستقل شاخه بندی شدند. جدایه‌های ایرانی با جدایه‌هایی از ترکیه و ایتالیا در زیر خوشه های نزدیک به هم قرار گرفتند. مقادیر ω در شاخه‌های II و V، بزرگتر از یک بود که شامل جمعیت‌های ایران، ایتالیا، ترکیه و چین بوده و مقادیر ω در شاخه‌های I، III، IV و VI، کوچکتر از یک محاسبه شد. نتایج نشان می‌دهند که فشار انتخابی تکاملی GPGV به بسیاری از شرایط مانند: نوع کشت، شرایط آب و هوایی در مناطق مختلف جغرافیایی، اپیدمیولوژی GPGV و کنترل ناقل بستگی دارد. این اولین مطالعه درباره خصوصیات مولکولی، آنالیز فیلوژنتیک و درک بهتر از تکامل جمعیت جدایه‌های GPGV در تعدادی از تاکستان‌های ایران است.

Trichovirus؛ تکامل مولکولی؛ ژن پروتئین پوششی