اولین گزارش از همراهی یک فیتوپلاسما از گروه 16SrVI با بیماری جاروک کنار

کد مقاله : 1872-24IPPC (R3)
نویسندگان
1بخش گیاه پزشکی، دانشگاه شیراز
2گیاه پزشکی و مرکز تحقیقات ویروس شناسی گیاهی
3کارشناس حفظ نباتات
4مرکز تحقیقات ویروس شناسی گیاهی، بخش گیاه پزشکی، دانشگاه شیراز
چکیده
کنار (Ziziphus spina-christi) یکی از درختان گرمسیری بومی نواحی جنوبی ایران است. در بهمن سال 1400 در بازدیدهای انجام گرفته از درختان کشت شده در فضای سبز شهر بندرعباس (استان هرمزگان)، علائم آلودگی فیتوپلاسمایی شامل جاروک، کوتولگی (کاهش فاصله میانگره‌ها)، ریز برگی و زردی در یکی از نهال‌های درخت کنار مشاهده شد. برای شناسایی فیتوپلاسمای همراه با بیماری، استخراج دی‌اِن‌اَی از 2/0 گرم بافت رگبرگ درختان دارا و فاقد علایم با روش CTAB انجام شد. ردیابی فیتوپلاسما در نمونه‌های دی‌اِن‌اَی با استفاده از واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (PCR) مستقیم با استفاده از جفت آغازگر عمومی Rl6mF2/R16mR1 مبتنی بر آر‌اِن‌اَی ریبوزمی (16S rRNA) انجام شد. در نمونه‌ دارای علائم در آزمون‌های PCR مستقیم قطعه مورد انتظار 1434 جفت بازی تکثیر شد. تحت همین شرایط در نمونه‌های فاقد علائم و آب مقطر سترون چنین قطعه‌ای تکثیر نشد. به منظور تایید شناسایی، محصول PCR به‌طور مستقیم تعیین توالی و با نرم‌افزارهای مربوطه ویرایش شد. نتایج جستجوی بلاست با استفاده از توالی به دست آمده (رس‌شمار: OM964913) ماهیت فیتوپلاسمایی بیماری را تایید کرد و نشان داد که فیتوپلاسمای همراه با بیماری جاروک کنار بیشترین شباهت را با فیتوپلاسماهایی از گروه 16SrVI (رس شمارهای: MK660149، KP119494 و KP864671) ، Candidatus Phytoplasma trifolii، دارد. مقایسه چند شکلی طولی قطعات برشی (RFLP) مجازی با نرم افزار iPhyClassifier نیز تعلق فیتوپلاسمای همراه بیماری جاروک کنار (Christ's thorn jujube witches' broom phytoplasma, (CjWPP)) را به زیرگروه 16SrVI-A تایید کرد. این اولین گزارش از وقوع طبیعی بیماری فیتوپلاسمایی در درختان کنار است. فیتوپلاسماهای گروه 16SrVI از گیاهانی نظیر گوجه فرنگی و کلزا در هرمزگان گزارش شده است و با توجه به اینکه درختان کنار به وفور در حاشیه و اطراف مزارع جنوب کشور وجود دارد، این درختان به عنوان میزبان مخزن فیتوپلاسماهای این گروه مطرح هستند.
کلیدواژه ها
 
Title
First report of a 16SrVI group phytoplasma associated with christ's thorn jujube witches' broom
Authors
Mohsen Amiri Mazraie, Keramtilah Izadpanah, Mohsen Taghavi, Siavash Samavi, keramatullah Izadpanah
Abstract
Christ's thorn jujube (Ziziphus spina-christi) is one of the tropical trees in southern regions of Iran. In February 2022, symptoms similar to phytoplasma-associated diseases was observed in a Christ’s thorn jujube seedling in the green space of Bandar abbas (Hormozgan province, Iran). The symptomatic seedling showed witches broom, plant stunting (shortened internodes), yellowing and little leaf. To identify association of phytoplasma with the symptomatic seedling, total genomic DNA was extracted from 0.2 g midribs using modified cetyltrimethylammonium bromide (CTAB) method. The samples were analyzed for phytoplasma DNA by direct-PCR using the phytoplasma universal primer pair Rl6mF2/R16mR1. Fragments of expected size (1434 bp) were amplified with direct PCR in sample of symptomatic plant but not in sample of symptomless plant or sterile distilled water as negative controls. A positive PCR product was directly sequenced and deposited in GenBank under accession no. OM964913. A BLAST search using sequenced fragment confirmed the phytoplasma infection and showed that the phytoplasma associated with Christ's thorn jujube witches' broom (CjWB) had 100 % nucleotide identity with the corresponding sequence of several members (MK660149, KP119494 and KP864671) of the 16SrVI phytoplasma group, Candidatus Phytoplasma trifolii. Virtual restriction fragment length polymorphism with iPhyClassifier software revealed that CjWB phytoplasma belonged to 16SrVI-A subgroup. To our knowledge, this is the first report of natural infection of Christ's thorn jujube by phytoplasma disease. Phytoplasmas belonging to the 16SrVI-A have been previously reported on several vegetable crops such as tomato and on rapeseed in Hormozgan. Due to the abundance of Christ's thorn jujube trees near commercial fields in southern Iran, these trees may act as an reservoir host for this phytoplasma.
Keywords
Detection, CjWBP, 16SrVI-A