| تجزیه توالی چند لوکوسی جدایه های Candidatus liberibacter asiaticus در ایران |
| کد مقاله : 1949-24IPPC (R2) |
| نویسندگان |
|
سیاوش سماوی *1، حشمت الله رحیمیان2، محمد مهدی فقیهی3، عبدالنبی باقری4، ولی اله بابایی زاد5، امید شناور1، محسن امیری مزرائی6 1گروه گیاهپزشکی، دانشکده علوم زراعی، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران 2استاد دانشکده علوم زراعی دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری-پروکاریوت های بیماریزای گیاهی 3عضو هیئت علمی-مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی فارس 4بخش تحقیقات گیاهپزشکی، مرکز تحقیقات و آمـوزش کـشاورزی و منـابع طبیعـی هرمزگـان، سـازمان تحقیقـات، آمـوزش و تـرویج کشاورزی، بندرعباس، ایران 5عضو هیات علمی گروه گیاهپزشکی دانشکده علوم زراعی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری. ساری / ایران 6بخش گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز |
| چکیده مقاله |
| بیماری میوه‌سبز مرکبات (Citrus Greening Disease) که امروزه هوانگ‌لونگ‌بینگ Huanglongbing (HLB))) نامیده می‌شود، یکی از مخرب‌ترین بیماری‌های مرکبات در دنیا می‌باشد. برای تکثیر بخشی از ژن‌های خانه داری، شش جفت‌آغازگر بر اساس جدایه Psy62 که به طور کامل ژنوم آن تعیین توالی شده است، با استفاده از نرم افزار Vector NTI 9.2 و پایگاه اینترنتی 4.1.0 Primer3 طراحی و برای سنتز به شرکت متابیون (©Metabion، آلمان) ارسال شد. ژن های rpoB، dnaG، rplA، mutS، fumC وnusG در تعداد 27 جدایه مورد بررسی با استفاده از واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (PCR) تکثیر شدند. قطعات تکثیر شده ژن‌های مختلف جدایه‌های مختلف CLas به طور مستقیم برای تعیین ترادف به شرکت کدون ژنتیک ارسال شدند. ترادف‌ها با استفاده از نرم افزار 2020.1.2 Geneious Prime ویرایش و در پایگاه مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژی (NCBI) ثبت شدند. روابط فیلوژنتیکی جدایه‌ها بر اساس تشابه توالی‌های تجمیعی ژن‌هایdnaG ،fumC ،mutS ،nusG ، rplA وrpoB (4305 جفت باز) بررسی شد. همترازی نوکلئوتیدی توالی‌ها با استفاده از ابزار ClustalW انجام شد. به منظور تعیین جایگاه فیلوژنتیکی جدایه‌ها از الگوریتم‌های بیشینه تشابه، بیشینه صرفه‌جویی و اتصال-همسایگی استفاده شد. مدل فیلوژنی بیشینه تشابه توسط jModeltest بر اساس کمترین BIC، مدل TVMef با برآورد توزیع گاما انتخاب و دندروگرام بیشینه تشابه به وسیله RAxML 8 با 1000 تکرار Bootstrap ترسیم شد. روش اتصال-همسایگی با استفاده از مدل p-distance و با 1000 Bootstrap با نرم افزار MEGAX انجام شد. تجزیه داده‌ها و ترسیم درخت بیشینه صرفه‌جویی با جستجوی ابتکاری به روش TBR branch swapping، و افزودن تصادفی ترادف جدایه‌ها با 1000 تکرار (bootstraps) با استفاده از نرم افزار PAUP 4.0a (ورژن بتا) انجام شد. دندروگرام ترکیبی با افزودن میزان تکرارپذیری روش‌های اتصال-همسایگی و بیشینه صرفه‌جویی به درخت بیشینه تشابه ترسیم شد. در درخت تباری تجمیعی ژن‌های خانه داری، جدایه‌های ایرانی CLas و جدایه‌های CLas موجود در بانک ژن در گروه‌های مجزا در کنار هم قرار گرفتند. همچنین برخی از جنس‌های تیپیک مربوط به خانواده Rhizobiaceae از راسته Hyphomicrobiales شاملAgrobacterium fabrum str. C58 و Rhizobium etli CFN42 و گونه‌ی Bartonella bacilliformis KC583 از خانواده Bartonellaceae و راسته Hyphomicrobiales در گروه‌های جداگانه قرار گرفتند. همچنین گونه مرجع Escherichia coli str Sakai از گروه Gammaproteobacteria نیز در گروه مجزا قرار گرفت. |
| کلیدواژه ها |
| گرینینگ، ژن خانه داری، هوانگ لونگ بینگ |
| وضعیت: منتشر شده |
